В библиотеке создан Музей редкой книги. Его открытие состоялось 24 мая 1996 года и было приурочено к Дню славянской письменности и культуры.
Основой Музея стал редкий фонд, насчитывающий около 3000 единиц хранения. На протяжении существования областной библиотеки редкий фонд пополнялся за счет книг, выписываемых из букинистических магазинов г. Москвы, Ленинграда, Киева. Книги приобретались и у частных лиц. Часть редкого фонда перешла из фондов бывшей городской общественной библиотеки г. Петропавловска.
В Петропавловске жили купцы первой гильдии потомственные Почетные гражданине Петропавловска Григорий Иванович Казанцев, Петр Григорьевич Казанцев, его старший брат Василий Григорьевич Казанцев.
Петр Григорьевич содержал городскую публичную библиотеку – единственную в городе, где была сосредоточена научная и техническая литература. Этот факт подтвержден дважды. Первая находка – это учетный формуляр на книгу, найденный в Северо-Казахстанском Госархиве. И вторая находка – это экслибрис на книге из редкого фонда областной библиотеки им. С. Муканова – Полное собрание сочинений Н.Г. Чернышевского – том 10. Экслибрис представляет собой скромный томик книги, на котором напечатано – Библиотека П.Г. Казанцева и затем инвентарный номер книги.
В нашем Музее редкой книги можно найти многотомные энциклопедические издания, ценность которых не потеряна и на сегодняшний день. Это популярнейший дореволюционный Энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона /1890-1907 г.г./ 86 томов; издания из серии «Библиотека Великих Писателей», вышедшей в 20 томах в 1901-1915 г.г. — превосходно оформленные, просто роскошные тома; 58-томное издание «Энциклопедического словаря Братьев Гранат» и др.
Хранится «Псалтырь» конца 18 в., в деревянном переплете, обтянутом тонкой телячьей кожей, потрескавшейся от времени.
В музее в большом разнообразии представлены факсимильные издания древнейших рукописных книг, как например, «Изборник 1076 г.» /или Сборник Святослава/, «Остромирово Евангелие» /1056-1057 г.г./, а также самый совершенный в литературном отношении памятник — «Сказание о Борисе и Глебе» /12 век/.
«Остромирово Евангелие» /1056-1057 г.г./ — первая русская датированная книга. Откройте его, — и вы увидите четкие знаки старославянской азбуки — кириллицы, которой мастером книжного дела Григорием переписано это Евангелие для новгородского посадника Остромира. Имя посадника и дало название книге.
Особенность хранящимся в редком фонде экземплярам придают владельческие и читательские пометки и записи. Это те неповторимые признаки, которые делают книгу редкой, особенной. Они могут рассказать, где побывали эти издания, прежде чем попасть на полки нашей библиотеки, с какими людьми и событиями связаны.